כשאר השבילים הארוכים בארץ – שביל ישראל, שביל הגולן ושביל סובב כנרת – גם שביל הים מסומן בשלושה צבעים: כחול (הים העמוק), לבן (קצף הגלים) ותכלת (המים הרדודים הקרובים לחוף). צבעי הסימון נקבעו לאחר תהליך ארוך ומורכב שבו נבחנו אפשרויות רבות, ולאחר שרוב השותפים למיזם הסכימו עליו. שלושת הצבעים מתכתבים עם צבעי דגל המדינה וגם עם צבעי הלוגו של אוניברסיטת חיפה, שבמסגרתה פועל שביל הים.
סימון שביל הים הוא מלאכה מורכבת הדורשת מיומנות. צוות שביל הים הודרך במהלך ביצוע הסימון על ידי שי יגל, שהיה רכז סימון שבילים בחברה להגנת הטבע. סימון השביל בשטח מופיע במגוון צורות, בדרך כלל בשלושת "פסי הסימון" כמוקבל, אך במקרים רבים הוא מסומן גם בדיסקיות אלומיניום עגולות הנושאות את לוגו שביל הים ואת לוגו הרשות המקומית שבתחומה עובר השביל.
לעיתים תמצאו את סימוני שביל הים כעיגול בצבעי כחול לבן ותכלת. סימון זה נועד להודיע למטייל על נקודה מעניינת או נקודת תצפית מיוחדת לצד השביל. במקרים רבים חופפות נקודות אלו לנקודות העניין המתוארות באתר האינטרנט של שביל הים ב"סיפור הדרך" של מקטעי השביל.
סימון השביל בחופים החוליים הוא עניין מאתגר, בעיקר בחופים חוליים ארוכים כגון אלה שבאזור שבי ציון בצפון, בין עתלית לחיפה, מצפון למעגן מיכאל ובחולות החופי שבדרום הארץ. בחופים אלה נמנענו בכוונה מהצבת עמודוני סימון נוספים או אמצעי סימון אחרים. עצמים מסוג זה נפגעים בסערות חורף גדולות ונעשים מפגע. אנו סומכים על המטיילים שיבינו כי גם אם חסרים סימנים בחוף חולי, עליהם להמשיך ללכת בו עד שימצאו את סימון השביל על סלע בולט או על גוף עמיד אחר שנמצא ממילא בחוף.
לא תאמינו כמה דברים מעניינים חושף שביל הים
