האדם גילה את סוד חפירת הבארות במישור החוף עוד בתקופה הפרהיסטורית. הוא ידע לחפור ולחדור למפלס מי התהום בעומק כמה מטרים מפני הקרקע, ולא לפרוץ את הפן הביני שבין המים המתוקים למלוחים. הבארות הקדומות ביותר התגלו ביישובים הפרהיסטוריים הטבועים בחוף הכרמל. בחוף דור אפשר להבחין בים בפי באר עגולה שהייתה בשימוש במאה ה-20. הפרדסים שניטעו ביישובי החוף הסתמכו בעיקר על מי האקוויפר, שנשאבו מבארות.

כיום, כאשר אזור החוף הוא המיושב ביותר בישראל, השטחים המרוצפים והסלולים אינם מאפשרים למי הגשמים לחלחל לקרקע ולהגיע לאקוויפר. צורכי האוכלוסייה מביאים לשאיבת יתר של מים ובימינו התהפך כיוון הזרימה – מי הים חודרים לאקוויפר ממערב וממליחים אותו. כדי לשפר את המצב מחדירה חברת מקורות מי שיטפונות לשדות חלחול בחולות מישור החוף. מפעל נחלי מנשה ומאגר שקמה הם דוגמאות לכך.

רוב הבארות במישור החוף יצאו מכלל שימוש עקב המלחה. האקוויפר נתון לסכנה גוברת של זיהום מביוב וממזבלות, מדשנים חקלאיים וחומרי הדברה, דלק ושפכים תעשייתיים, וזיהומים שמגיעים בנחלים, חלקם משטחי יהודה ושומרון. ההתמודדות עם אתגרים אלה נמצאת בשיאה.